1. Công tác tổ chức cán bộ: Cán bộ ngành tài nguyên và môi trường từ tỉnh đến cơ sở chủ yếu là cán bộ theo chuyên ngành quản lý đất đai, cán bộ chuyên môn trên lĩnh vực Môi trường, Khoáng sản, tài nguyên nước thiếu. Cán bộ ở cơ sở trình độ năng lực yếu, lại kiêm nhiệm nhiều lĩnh vực công tác (nhất là cấp xã) nên chưa làm đầy đủ chức năng nhiệm vụ của cán bộ tài nguyên và môi trường;
2. Công tác thu hồi đất, giao đất, cấp giấy CNQSD đất tại khu điểm tái định cư Thuỷ điện Sơn La chưa có cơ chế hướng dẫn của Bộ TNMT theo tinh thần chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ nên có ảnh hưởng đến tiến độ công tác này;
3. Trong quản lý đất đai tình trạng quy hoạch treo, dự án treo vẫn còn, Tỉnh đang tập trung tháo gỡ. Nguyên nhân chủ yếu là chất lượng quy hoạch không cao, năng lực tài chính của nhà đầu tư, nhà thầu yếu. Tranh chấp đất đai vẫn diễn ra ở một số điểm, chủ yếu có liên quan đến địa giới hành chính 364. Hiệu quả sử dụng đất trên 1 ha canh tác nông nghiệp còn thấp (mới khoảng 12 triệu đồng/ha);
4. Công tác quản lý tài nguyên nước, tài nguyên khoáng sản còn bất cấp do chưa tiến hành được công tác điều tra cơ bản, lập quy hoạch, kế hoạch khai thác sử dụng, chưa có cơ sở để quản lý tốt tài nguyên này;
5. Công tác đo đạc địa chính, điều tra cơ bản về đất đai chậm, chủ yếu thiếu kinh phí (đến nay mới đo đạc được 66/203 xã, phường, thị trấn) do đó thiếu thông tin, dữ liệu cho việc lập hệ thống thông tin đất đai;
6. Trang thiết bị, phương tiện làm việc, quản lý của ngành Tài nguyên và Môi trường còn thiếu, chưa đồng bộ (hiện nay phòng TNMT các huyện, thị xã còn không có máy đo đạc đơn giản);
7. Kinh phí đầu tư cho sự nghiệp tài nguyên và môi trường còn thiếu do ngân sách của địa phương hạn hẹp;
8. Theo số liệu kiểm kê đất đai năm 2005 về diện tích tự nhiên tỉnh Sơn La hiện nay có 02 số liệu khác nhau, trong đó số liệu của tỉnh là: 1.412.500 ha, của Bộ TNMT và Thủ tướng Chính phủ 1.417.444,07ha. Sở Tài nguyên và Môi trường đang đề nghị Bộ Tài nguyên và Môi trường xử lý vấn đề này;
9. Tỉnh Sơn La trước đây cũng thực hiện chính sách thu hút đầu tư bằng chính sách riêng của tỉnh, trong đó có 08 dự án tạo vốn từ đất đầu tư để xây dựng cơ sở hạ tầng thì có 01 dự án thu tiền sử dụng một lần, giao đất lâu dài. Nay theo Luật Đất đai năm 2003 giao đất có thời hạn 50 năm. Tỉnh đang gặp khó khăn trong xử lý việc này, đang đề nghị Bộ Tài nguyên và Môi trường cho ý kiến.