Là một huyện thuần nông. Kinh tế nông nghiệp chiếm trên 80%. Cơ sở hạ tầng còn nhiều yếu kém và bất cập; trình độ dân trí còn thấp lại không đồng đều giữa các vùng và các dân tộc; đời sống của một bộ phận nhân dân các dân tộc trong huyện còn gặp nhiều khó khăn. Vì vậy Đảng bộ, chính quyền các cấp đặt nhiệm vụ công tác xoá đói giảm nghèo (XĐGN) là nhiệm vụ trọng tâm của toàn cộng đồng, huyện đã có những giải pháp thực hiện phù hợp cho từng năm, từng vùng, từng xã nhằm tập trung giải quyết những khó khăn vướng mắc, đẩy nhanh tiến độ xoá đói giảm nghèo một cách bền vững. Tỷ lệ hộ nghèo toàn huyện giảm từ 11,5% năm 2000 xuống còn 4,9% năm 2005 (theo tiêu chí cũ). Đặc biệt 6/8 xã của huyện đã cơ bản hoàn thành các mục tiêu của Uỷ ban Dân tộc Miền núi về XĐGN; thu hẹp khoảng cách phát triển kinh tế - xã hội giữa các vùng, các dân tộc trong huyện. Huyện đã thành lập Ban chỉ đạo XĐGN và hết sức coi trọng công tác tổ chức tuyên truyền, vận động, huy động được mọi nguồn lực, trong đó có sự tham gia đóng góp tích cực của nhân dân trong công tác XĐGN. Đảng bộ huyện đã phân công, gắn trách nhiệm của Đảng viên trong xã, trong bản trực tiếp giúp đỡ hộ nghèo với phương châm “Xoá nghèo phải xoá tận gốc” bằng cách hướng dẫn cho bà con các dân tộc nâng cao trình độ sản xuất canh tác, sử dụng có hiệu quả nguồn vốn hỗ trợ sản xuất của Nhà nước. Ngoài ra, còn thực hiện lồng ghép các chương trình mục tiêu của Chính phủ, của tỉnh trên địa bàn được thực hiện công khai, minh bạch các nguồn vốn đầu tư, hình thức đầu tư để dân biết, dân bàn, dân kiểm tra đã mang lại hiệu quả cao. Toàn bộ các công trình đầu tư trên địa bàn đều có sự tham gia, quản lý, giám sát của xã, bản. Huyện xây dựng kế hoạch chỉ đạo và giải quyết tốt đối với các bản còn có tỷ lệ hộ nghèo, tỷ lệ nhà tạm cao “cục bộ” tại các xã đặc biệt khó khăn, vùng dân tộc thiểu số. Huy động sức đóng góp với phương châm cả huyện giúp 1 xã, cả xã giúp 1 bản, cả bản giúp 1 hộ… mỗi cơ quan, đơn vị, đoàn thể, đỡ đầu một bản đặc biệt khó khăn, coi đây là nhiệm vụ chính trị trọng tâm được giao nhằm thực hiện hiệu quả nguồn vốn hỗ trợ sản xuất cho hộ nghèo, tuyên truyền hướng dẫn đồng bào thay đổi nhận thức và tư duy sản xuất, chuyển đổi cơ cấu cây trồng, vật nuôi, phát huy hiệu quả sử dụng đất mang lại giá trị kinh tế cao, chú trọng việc hướng dẫn áp dụng KHKT vào sản xuất đối với đồng bào vùng cao biên giới…

Qua 5 năm thực hiện Nghị quyết đại hội Đảng bộ huyện lần thứ XVII, tốc độ tăng trưởng bình quân của huyện đạt 12,44%/năm, vượt 2,44%/năm. Riêng 2 năm 2004 – 2005, tốc độ tăng trưởng bình quân đạt 13,97%/năm. Giá trị tăng năm 2005 đạt 301.201 triệu đồng. Cơ cấu kinh tế của huyện chuyển dịch theo hướng tích cực. Trong đó: Nông – lâm nghiệp đạt 57,55%, công nghiệp xây dựng đạt 18,08%, thương mại - dịch vụ đạt 24,37%, giá trị gia tăng bình quân đầu người/ năm đạt 4.734.000 đồng, tương đương 303,46 USD/người/năm. Sản lượng lương thực năm 2005 đạt 42.000 tấn, tăng 5% so với mục tiêu đề ra. Sản xuất nông nghiệp trong huyện có những chuyển biến tích cực theo hướng tập trung thâm canh tăng vụ, tăng hiệu quả kinh tế, điều chỉnh qui mô sản xuất, khai thác thế mạnh của từng địa phương. Kết cấu hạ tầng nông nghiệp nông thôn được đầu tư tương đối toàn diện có đường ô tô đến tất cả các xã, đường xe máy đến được tất cả các bản, các công trình phục vụ sản xuất cơ bản đã và đng được kiên cố hoá, góp phần thúc đẩy sản xuất. Giá trị sản xuất nông lâm nghiệp tăng 9,94%/năm. Tỷ trọng nông nghiệp giảm từ 90,9% (năm 2000) xuống còn 84,5% (năm 2005), thuỷ sản tăng từ 2,8% lên 4,2%, lâm nghiệp tăng từ 6,3% lên 11,7%, … giá trị thu nhập đất lâm nghiệp đạt khoảng 10 triệu đồng/ha…; công nghiệp - tiểu thủ công nghiệp và xây dựng tăng mạnh, giá trị đạt 84.510 triệu đồng, tăng gấp 2,1 lần so với năm 2000. Tốc độ tăng trưởng bình quân đạt 18%/năm. Thương mại – dịch vụ phát triển tương đối toàn diện, đa dạng về loại hình, đáp ứng nhu cầu phục vụ sản xuất và đời sống nhân dân, các mặt hàng chính sách thiết yếu được cung ứng đảm bảo, giá cả thị trường tương đối ổn định, hệ thống chợ phát triển rộng khắp tạo điều kiện thuận lợi trao đổi hàng hoá, góp phần thúc đẩy sản xuất phát triển. Tổng mức luân chuyển hàng hoá và dịch vụ xã hội tăng 22%/năm; sự nghiệp giáo dục được quan tâm phát triển: tất cả các bản trong huyện có lớp MN và TH, tỷ lệ huy động học sinh trong độ tuổi tiểu học ra lớp đạt 96,1%, duy trì sĩ số đạt 98% trở lên, chất lượng dạy và học có nhiều chuyển biến. 15/15 xã, thị trấn đạt phổ cập giáo dục tiểu học – xoá mù chữ, 9/15 xã hoàn thành phổ cập trung học cơ sở. Công tác chăm sóc sức khoẻ cho nhân đân được chú trọng, cơ sở vật chất khám chữa bệnh được nâng cấp, đội ngũ cán bộ Y tế được tăng cường. Đến năm 2005, toàn huyện đã có 100% số xã, thị trấn có trạm xá (trong đó 7/15 trạm xá có Bác sỹ), 1 bệnh viện đa khoa huyện, 1 trung tâm y tế dự phòng và 1 phòng khám đa khoa khu vực xã, 100% số bản có y tế thông bản và tủ thuốc hoạt động… Cuộc vận động “Toàn dân đoàn kết xây dựng đời sống văn hoá” gắn với việc thực hiện hương ước, quy ước được triển khai có hiệu quả ở 10% cơ sở trong huyện. Tính đến năm 2005 đã có 7.367 hộ đạt gia đình văn hoá (chiếm 58% số hộ trong huyện), 39 bản, tiểu khu, 24 cơ quan đơn vị đạt tiêu chuẩn văn hoá, 3/15 xã, thị trấn đạt chuẩn văm hoá. Duy trì và hoạt động có hiệu quả 15 nhà văn hoá xã, thị trấn, 20 nhà văn hoá bản, tiểu khu…

Các chương trình XĐGN, xoá nhà tạm, làm nhà tình nghĩa, thực hiện chế độ chính sách đối với các gia đình thương binh, liệt sĩ, người có công và người có hoàn cảnh đặc biệt khó khăn được tạo thành một phong trào sâu rộng có tác dụng giáo dục trong cộng đồng các dân tộc. Số hộ có nhà ở lâu bền và kiên cố chiếm 40%, số hộ ngói hoá 95%, xoá được 1.120 nhà tạm (giảm tỷ lệ từ 22% năm 2000 xuống còn 9,3% năm 2005); 2% số hộ có mức sống khá trở lên, 39,5% số hộ có mức sống trung bình, 8,5% số hộ nghèo (theo tiêu chí mới), cơ bản xoá hết hộ đói kinh niên…

Phát huy những kết quả đã đạt được, trong giai đoạn 2006 – 2010. Đảng bộ huyện Yên Châu đề ra những mục tiêu phát triển KT-XH toàn diện. Trong đó quyết tâm phần đấu hoàn thành cơ bản công tác tiếp nhận di dân TĐC thuỷ điện Sơn La khoảng 700 hộ; đẩy nhanh tốc độ tăng trưởng kinh tế theo hướng giảm tỷ trọng ngành nông nghiệp, tăng tỷ trọng cơ cấu giá trị sản xuất công nghiệp, dịch vụ thương mại; đẩy mạnh công tác xã hội hoá và phát triển toàn diện các lĩnh vực VH – XH; nâng cao XĐGN, giải quyết có hiệu quả các tệ nạn xã hội, tăng cường kết cấu hạ tầng thiết yếu phục vụ phát triển KT-XH, tạo tiền đề cơ bản cho giai đoạn phát triển những năm tiếp theo, phấn đấu đưa tổng giá trị gia tăng trong huyện đạt 412.935 triệu đồng vào năm 2010, đưa tốc dộ tăng trưởng kinh tế bình quân 5 năm 25 – 26%/năm đạt từ 14,5 – 15,5%/năm.